Hlavním posláním Akademie věd České republiky a jejích pracovišť je uskutečňovat kvalitní vědecký výzkum na hranici poznání, který respektuje aktuální a předvídané potřeby společnosti.
Činnost Akademie se řídí zákonem č. 283/1992 Sb., o Akademii věd České republiky, a Stanovami Akademie věd České republiky schvalovanými vládou. AV ČR je organizační složkou státu a provádí výzkum prostřednictvím svých pracovišť, jež zřizuje jménem České republiky jako veřejné výzkumné instituce.
V současnosti je Akademie zřizovatelem 54 pracovišť (52 vědeckých ústavů a dvou pracovišť zajišťujících infrastrukturu pro výzkum).